De voorstelling “Annie jr” gaat over de 11-jarige Annie. Ze woont in een weeshuis dat geleid wordt door Miss Hannigan, die uitsluitend op eigen gewin uit is. Haar ouders hadden op een briefje genoteerd dat ze haar zouden komen ophalen, maar dat gebeurt niet. Annie staat samen met de andere meisjes onder het harde regime van Miss Hannigan. Wanneer op een dag Grace Farrell, de assistente van miljonair Oliver Warbucks, naar het weeshuis komt, verandert Annies leven drastisch.
Het blijkt enorm goed te klikken met Daddy (Oliver Warbucks) en ze gaan samen op zoek naar Annies ouders. Dit blijkt echter niet zo’n makkelijke klus want het enige dat Annie aan haar ouders bindt, is een zilver medaillon dat ze bij haar hebben achtergelaten. Vanaf het moment dat geld beloofd wordt aan degene die iets meer over de ouders van Annie kan vertellen, komen er enorm veel koppels over de vloer die beweren dat zij Annies echte ouders zijn. Zo ook de broer van Miss Hannigan en zijn vriendin. Daddy ontdekt echter dat Annies ouders reeds jaren geleden gestorven zijn en adopteert Annie.